一、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術問世

2016年5月，來自美國Salk研究所的科學家們在Cell期刊發表題為“Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape"的文章（IF=28.71）。該研究開發了一項新技術：DAP-Seq（DNA親和純化測序），用于快速繪制轉錄因子調控靶向DNA區域的圖譜：順反組（cistrome）的蛋白質結合區域的景觀圖。構建完整的順反組和表觀組圖譜（epicistrome maps）是闡明生長發育、行為和疾病復雜轉錄調控網絡的重要方法。DAP-seq大大擴展了科學家們收集的關于轉錄因子及它們結合位點的信息。

DAP-Seq將蛋白質體外表達技術與高通量測序技術相結合，不需要針對每個轉錄因子制備特異性抗體，所以DAP-Seq具有快速、高通量、節約時間成本等顯著優勢，比Chip-seq更易于擴展；DAP-Seq方法可用于所有的植物，這為科學家提供了一扇窗口，了解調控序列中的遺傳或表觀遺傳變異影響它們性狀的機制。

本研究為了檢驗DAP-Seq技術，科學家們快速繪制出了529種轉錄因子結合擬南芥基因組的位點。鑒別出了270萬個結合位點。隨后采用包含或不包含胞嘧啶甲基化的DNA重復了這些實驗。該文測試的大約四分之三的轉錄因子結合模式發生了改變。這使得科學家們能夠揭示出如果不除去甲基化，或許會漏掉的結合位點。采用這些方法，可以看到只在一部分細胞或組織中活化的結合位點。該研究不僅闡明了調控蛋白改變基因表達的機制，還揭示了表觀遺傳甲基化標記在這種調控中所起的作用。

Figure 1. Genome-wide Discovery by DAP-Seq

二、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術完善

2017年 8月，同樣是 Salk研究所的科學家們，在Nature Protocols期刊發表題為“Mapping genome-wide transcription factor 結合位點 using DAP-seq"的文章（IF=12.423）。詳細敘述了運用DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術對全基因組轉錄因子結合位點的檢測實驗和整體流程。一個有分子生物學經驗的研究人員遵循這個方案，每周可處理多達400個樣本。

研究材料：5 μg genomic DNA，本文作者已采用DAP-seq技術，成功對擬南芥、玉米15號和人類（未發表）轉錄因子進行了檢測。

研究方法：DAP-seq

Figure 2. DAP-seq protocol overview

Figure 3. 擬南芥轉錄因子  TGA5 (AT5G06960) DAP-seq DNA 文庫檢測實驗

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客戶已發表的文章：

2024年1月25日，南京農業大學白菜系統生物學實驗室在Plant Physiology （IF=7.4）期刊發表了題為“ETHYLENE RESPONSE FACTOR 070 inhibits flowering in Pak-choi by indirectly impairing BcLEAFY expression"的研究成果。該文借助DAP-seq技術解析了乙烯響應因子BcERF070抑制不結球白菜開花的分子機制。

2023年11月29日，西北農林科技大學蘋果抗逆與品質改良創新團隊李明軍課題組在The Plant Cell在線發表了題為“The transcription factor MdBPC2 alters apple growth and promotes dwarfing by regulating auxin biosynthesis"的研究論文。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了BBR/BPC家族的MdBPC2轉錄因子的結合基序和靶基因，揭示了該轉錄因子，通過H3K27me3修飾調控蘋果生長素生物合成，從而協調蘋果的生長和植株結構的新機制。

2023年11月22日，浙江大學張波教授課題組研究成果，發表在Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為Transcription factor PpNAC1 and DNA demethylase PpDML1 synergistically regulate peach fruit ripening。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了PpNAC1轉錄因子的結合基序和靶基因。研究發現轉錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協同調節桃果實中乙烯合成、果肉軟化和風味形成的分子機制。

2023年7月11日，鄭州大學與中棉所棉花生物學國家重點實驗室的研究成果發表在New Phytologist（IF=9.4，Q1區）期刊上，題目為“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了陸地棉GhMYC3的結合基序和靶基因。揭示了GhRCD1-GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18轉錄級聯調控棉花SE的分子機制，為細胞全能性以及棉花基因工程研究提供了新思路。

2023年6月16日，濟南大學生物科技與技術學院李慧教授團隊的研究成果，發表在植物學領域的TOP期刊Plant, Cell & Environment（IF=7.947），文章題目為“ZmEREB57 regulates OPDA synthesis and enhances salt stress tolerance through two distinct signalling pathways in Zea mays"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了玉米中一個AP2/ERF轉錄因子的結合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通過兩個不同的信號途徑調控玉米OPDA合成增強耐鹽性的分子機制，為耐鹽性植物新品種的培育提供了重要的遺傳資源。

2023年6月4日，青島農業大學草業學院宋輝教授課題組的研究成果，發表在Oil Crop Science期刊上，文章題目為Identification of the target genes of AhTWRKY24 and AhTWRKY106 transcription factors reveals their regulatory network in Arachis hypogaea cv. Tifrunner using DAP-seq。該研究使用DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了AhTWRKY24和AhTWRKY106的結合基序以及下游基因。并結合RNA-seq數據揭示了AhTWRKY24和AhTWRKY106轉錄因子可以調控參與干旱脅迫響應的下游基因。

2023年5月29日，北京林業大學生物學院林木分子育種團隊的研究成果，發表在期刊Plant Physiology（IF=8.005），文章題目為“Allelic variation in transcription factor PtoWRKY68 contributes to drought tolerance in Populus"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了毛白楊轉錄因子PtoWRKY68的結合基序以及靶基因。揭示了PtoWRKY68基因等位變異通過調控ABA信號通路響應干旱脅迫的分子機制，為利用分子育種策略開發耐旱樹木新品種奠定了遺傳基礎。

2023年5月22日，河北農業大學與西北農林科技大學的聯合研究成果，在線發表在Horticultural Plant Journal 期刊(Q1區，IF=5.7)，文章題目為“Overexpression of the transcription factor MdWRKY115 improves drought and osmotic stress tolerance by directly binding to the MdRD22 promoter in apple"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了蘋果轉錄因子MdWRKY115的結合基序和靶基因。揭示了MdWRKY115通過直接結合MdRD22啟動子增強植物對干旱和滲透脅迫耐受性的調節機制。

2023年4月13日，西北農林科技大學園藝學院王西平教授課題組在Horticulture Research(IF=7.291)在線發表了題為“Control of ovule development in  Vitis vinifera by  VvMADS28 and interacting genes" 的研究論文。DAP-seq助力該研究揭示了葡萄MADS-box基因對胚珠發育的調控機制。

2023年4月6日，中國中醫科學院中藥資源中心黃璐琦院士/袁媛研究員課題組的研究成果，發表在Frontiers in Microbiology期刊上(IF=6.064)，文章題目為“PuCRZ1, an C2H2 transcription factor from Polyporus umbellatus, positively regulates mycelium response to osmotic stress"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了豬苓中一個C2H2轉錄因子的結合基序及其靶基因，揭示了PuCRZ1參與調控豬苓菌絲生長以及滲透脅迫耐受的分子機制。

2023年3月，北京林業大學生物學院宋躍朋教授課題組的研究成果發表在了Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為“Enhanced genome-wide association reveals the role of YABBY11-NGATHA-LIKE1 in leaf serration development of Populus"的研究論文。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了楊屬YABBY11轉錄因子的結合基序和靶基因。發現YABBY11與楊樹葉形自然變異顯著關聯，為探索理想葉形遺傳改良奠定了理論基礎。

2023年3月，華中農業大學端木德強團隊在New Phytologist期刊（IF=10.323）在線發表了題為“A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence"的研究論文。該研究揭示了豆科植物百脈根中一個NAC轉錄因子在硝酸鹽誘導的根瘤衰老過程中發揮了關鍵的調控作用。

2023年2月9日，浙江大學農業與生物技術學院的最新研究成果，發表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949)，文章題目為“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了比克氏棉子葉GoPGF的結合基序和下游靶基因。并進一步揭示了比克氏棉色素腺形態建成的調控網絡，為培育具有特定性狀的栽培棉花新品種提供了寶貴的基因資源。  

2023年1月31日，西北農林科技大學園藝學院蘋果重點實驗室的最新研究成果，發表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了蘋果MdERF114的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了MdERF114正向調控蘋果根系抵御腐皮鐮刀菌侵染的分子機制，為培育抗ADR的砧木提供了寶貴的基因資源。

2023年01月03日，中南林業科技大學的最新研究成果，發表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548)，文章題目為“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了藥用真菌靈芝中bHLH-zip轉錄因子SREBP的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了SREBP調控靈芝中三萜類化合物和脂質代謝的分子機制，為提高靈芝物種的GA產量提供了寶貴的基因資源。

2022年12月21日，中國農業科學院棉花研究所的研究成果發表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了陸地棉中BR信號通路核心轉錄因子GhBES1.4的結合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介導的BR調控棉纖維伸長的網絡，為培育陸地棉優質纖維新品種提供了寶貴的基因資源。

2022年10月，浙江大學農業與生物技術學院宋鳳鳴課題組的最新研究成果，發表在學術期刊Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）上，文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了水稻中轉錄因子ONAC083的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了OsNAC083通過結合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉錄，進而負調控水稻對稻瘟病的抗性。

2022年9月，中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）在線發表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究論文，證實了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉錄和轉錄后水平調控過氧化氫酶的活性、影響過氧化氫在葉片表皮不同類型細胞中的分布，從而調控木薯對干旱脅迫的響應。

2022年8月，廣西大學農學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農業生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文，該研究發現了一個甘蔗新的AP2家族轉錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調節JA與GA合成，平衡植物生長與防御。

2022年8月，安徽農業大學、中國水稻研究所和上海市農業科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯合發表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調控OsAPX1的表達，促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發的分子機制。

2022年8月，揚州大學生物科學與技術學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過協調紅光和脫落酸（ABA）信號調節氣孔開度的分子機制。

2022年7月，北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果，在期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究內容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調控機制。

2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中，該研究使用了DNA親和純化測序技術（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調控的下游靶基因。

2022年2月，北京林業大學生物科學與技術學院林木育種國家工程實驗室的研究成果，發表在Frontiers in Plant Science期刊上(IF=6.627)，文章題目為“Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術分別鑒定了二倍體酸棗和同源四倍體酸棗中ZjVND7的結合基序和靶基因。揭示了ZjVND7在調節木質部導管分化和耐旱性中的潛在分子機制，為培育耐旱性植物提供了新的思路。

2021年4月29日，重慶文理學院園林與生命科學學院陳澤雄教授的研究成果，發表在植物科學領域的學術期刊Plant Science（IF=5.363）上，文章題目為“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了金銀花R2R3-MYB轉錄因子LmMYB15的DNA結合基序及其靶基因。進一步研究揭示了LmMYB15調控金銀花CGA生物合成和苯丙素代謝的分子機制，該研究成果為利用基因工程策略開發富含CGA的金銀花新品種提供了寶貴的基因資源。

2020年4月，北京工商大學與藍景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章，為揭示PIFs轉錄因子調控ABA信號轉導機制提供了重要線索。

2019年9月，北京林業大學和藍景科信合作，在植物學主流學術期刊Journal of Experimental Botany（IF=5.36）上，發表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。